Akwarium Gdyńskie jest częścią Morskiego Instytutu Rybackiego – Państwowego Instytutu Badawczego. Naszą misją jest prezentowanie gatunków zwierząt wodnych z całego świata, a także przekazywanie wiedzy o środowisku wodnym. Akwarium Gdyńskie to dość nietypowy ogród zoologiczny, którego wszyscy podopieczni związani są ze środowiskiem wodnym, a cała powierzchnia zamknięta jest w bryle jednego budynku. Jednak pomimo tej wyjątkowości Akwarium spełnia wszystkie funkcje współczesnego zoo, podejmując działania na rzecz ochrony zwierząt, propagując idee ochrony przyrody, prowadząc szeroko pojętą edukację ekologiczną oraz badania naukowe.

Według Światowej Unii Ochrony Przyrody (IUCN) jednym z najważniejszych czynników odpowiedzialnych za zanikanie różnorodności biologicznej na Ziemi jest nadmierna eksploatacja gatunków przez człowieka. Na początku lat 70. powołano do życia specjalne porozumienie międzynarodowe, nazwane Konwencją o międzynarodowym handlu dzikimi zwierzętami i roślinami gatunków zagrożonych wyginięciem, czyli z angielskiego „Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora” – CITES. Akwarium stanowi schronienie dla zwierząt z list CITES. Niektóre z nich pochodzą z nielegalnych transportów zatrzymanych w Polsce przez celników. Większość gatunków CITES w Akwarium pochodzi z załącznika II.